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Archive for the ‘Darwin 2009’ Category

Deuxième billet consacré à la conférence de Cold Spring Harbor Labs, cette fois sur les ouais cool.

Le niveau général des conférences était très élevé, malgré tout ce que j’ai pu dire de méchant, en tout cas du point de vue strictement scientifique. Quelques conférences ont dépassé le lot, la plupart du temps par un bon lien entre fond et forme : un sujet pas totalement inintéressant en soi traité de la bonne manière, soit un bon dosage entre fond et forme. Il s’agit là d’une liste faite à partir d’impression à chaud et de relecture de notes à froid sous la forme de liste sans lien évident entre toutes ces conférences.

C’est David Kingsley qui le premier retint mon attention, avec les honneurs puisqu’il parlait durant la première session, le premier soir. Un grand merci aux organisateurs qui ont pensé à tous les européens assistant à la conférence en organisant une session le tout premier soir, ce qui revenait à assister aux conférences après plus de 24 heures sans dormir. Ce cher David étudiait les liens entre mutations dans le génome et gros changements phénotypiques (perte ou gain de nageoire, ou autre) en utilisant des poissons comme outils de base, ce fut très intéressant et instructif.

Ce fut ensuite au tour du grand, de l’immense Brian Charlesworth d’illuminer la conférence en parlant de l’influence et de l’importance de la recombinaison en évolution. Rappelons que la recombinaison est l’échange d’ADN entre chromosomes, c’est un phénomène très commun (même dans vos chromosomes) et très étudié. Ce cher Brian a fait honneur à son statut de star dans le domaine.

Deux conférences dans la session sur l’évolution culturelle ont retenu mon attention, l’un par Daniel Dennett et l’autre par Matt Ridley. Le premier a parlé des mots et de leur évolution pour argumenter du fait qu’ils sont un exemple parfait de mèmes. Un mème est une entité culturelle (un mot, une pratique culturelle, une méthode de travail, une recette de cuisine) qui se transmet (se réplique), évolue et est soumis aux lois de la sélection naturelle. C’est à Richard Dawkins que l’on doit la définition d’un mème dans son livre Le Gène Égoïste par en 1976. Personnellement j’adhère à l’hypothèse des mèmes comme éléments essentiels de l’évolution culturelle même si sa plus grande faiblesse reste l’absence de support (ou vecteur). Pour mieux comprendre, un gène ayant pour support l’ADN, si un mème peut être comparé à un gène, alors nous ne connaissons pas d’équivalent de l’ADN pour les mèmes.

Matt Ridley a lui parlé de l’importance des échanges dans l’évolution culturelle et du fait que sans échanges il y a récession (pas économique mais évolutive). L’échange est un des moteurs de l’évolution, sous la forme de reproduction sexuée au sein d’une même espèce (comme pour nous, il faut faire du sexe pour se reproduire) ou bien entre espèces plus distantes sous la forme de transferts latéraux de gènes (un thème que j’aborderai dans le troisième billet sur CSHL). Pour l’évolution culturelle, c’est la même chose : les échanges sont nécessaire à l’évolution, un de ses moteurs. Une idée à transmettre en ces temps de fermeture plus qu’active de nos frontières à tout ce qui n’a pas l’air franchement gaulois.

Une très bonne conférence de Sarah Tishkoff a présenté les résultats d’une grande étude génétique des populations humaines du continent africain. Il s’agissait d’établir le profil génétique d’individus du plus grand nombre d’endroits, tribus, ethnies, pays possibles pour ensuite retracer les liens de parentés entre tout ce beau monde et faire le lien avec certains traits culturels comme le langage.

À signaler, deux conférences sur l’évolution humaine. L’une de Tim White parlait des données de paléontologie disponibles et de certains biais de méthodologique. Quand on fait la somme de toutes les espèces nommées dans la lignée humaine, on arrive à un chiffre assez élevé qui ne reflète souvent que le désir de reconnaissance du découvreur : chaque fois que des ossements sont découverts, on y attribue un nouveau nom d’espèce. Le problème est que l’on ne prend en compte ni la diversité phénotypique intra spécifique qui se manifeste même dans les ossements, ni le fait que d’une même espèce pourra vivre un certain nombre d’année et laisser des restes à différents temps géologiques (Tim White définit une chronospecies comme plusieurs espèces situées dans une continuité temporelle sans séparation avérée de genre, on peut résumer cela à une seule espèce identifiée comme plusieurs espèces par différents restes). Il y a dans la nomenclature de ces espèces un biais méthodologique assez important provoqué par le fait (je pense) qu’il est plus facile d’attirer l’attention avec une nouvelle espèce qu’avec des restes d’une espèce déjà identifiée.

La deuxième de Steven Pinker, sur l’évolution de la cognition, selon lui spécifique à nous, les humains. Nous avons selon Steven Pinker l’habilité unique dans l’histoire évolutive de manier des concepts abstraits et de former des interactions sociales très complexes grâce à ce formidable outil qu’est le langage. La grammaire complexe en particulier nous permet de transmettre des compétences également complexes et de former des interactions non moins complexes.

Pour donner une lecture plus générale de cette conférence, je retiendrai plusieurs choses. Premièrement, les possibilités techniques offertes par les techniques de séquençage actuelles permettent des études très poussées et très ciblées sur des questions clef de l’évolution. Ensuite, une immense majorité d’évolutionnistes peuvent être considérés comme des historiens de la biologie : ils se demandent que s’est-il passé à tel ou tel moment de notre histoire évolutive, moins quels sont les concepts globaux qui gouvernent l’évolution des espèces. Enfin, j’ai trouvé que c’est la grande question que sommes-nous qui motivent les études sur l’évolution : l’origine de la vie il y a 3 milliards d’années et l’évolution humaine.

La fin dans le prochain billet avec une conférence (et le papier qui va avec) décortiqué par l’équipe de Procrastinons un peu…

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Il y a quelques semaines, j’ai eu l’immense chance de présenter mes récents travaux lors de la conférence « Evolution – the molecular landscape » organisée au laboratoire de Cold Spring Harbor (c’est à Long Island, tout près de New York).  C’était une des grandes conférences de l’année sur l’évolution (année Darwin oblige) et une des conférences Landmark de CSHL sur l’évolution, la dernière remontant à 50 ans pil poil.

Comme dans toutes les conférences, petites ou grande, il y eu une grande consommation de boissons caféines, des jugements portés principalement sur la qualité de la restauration (très bon niveau), des célébrités, des gens moins connus, des moments de gloire, des moments de solitude.

Il y a évidemment beaucoup de choses à dire sur le plan scientifiques, vu la qualité et surtout le nombre de conférences auxquelles l’équipe de Procrastinons un peu… a assisté. Pour essayer de faire court et logique, mes réflexions post-conférence vont se composer en trois actes : les bofs, les ouais cool et le top du top du meilleur de.

Donc, commençons avec le bof.

Il est difficile de vraiment pointer une conférence décevante, sur le plan scientifique du moins, il est difficile avec le jetlag de garder les paupières ouvertes quand on s’emmerde. J’en vois une qui sort du lot, plus une intervention qui n’était pas prévue au programme.

Globalement, il y a un grand reproche que je ferai à mes collègues scientifiques, c’est qu’ils ne savent pas présenter. Certains, si, heureusement. Les conférences incriminées ne sont pas du tout dépourvues sur le plan scientifique, mais les auteurs oublient souvent la différence entre forme et fond en s’imaginant que seul le fond compte, qu’une présentation à la science solide sera intéressante d’elle-même. C’est une erreur grave qui prend forme dans l’oublie simple qu’un scientifique est avant toute chose un être humain, c’est à dire attiré par ce qui brille, ce qui est rigolo, ce qui est sexy, ce qu’il peut comprendre et assimiler dans le laps de temps très court d’une conférence : vous avez deux minutes pour gagner la foule et vous la mettre dans la poche, au delà c’est foutu.

J’ai pu donc assister à des conférences au sujet alléchant sur le papier mais qui débitaient résultat après résultat sans pause, sans consistance, sans saveur quand ce n’était pas des conférences qui essayaient vainement de résumer vingt ans de recherche en vingt minutes, le débit monocorde qui mitraillait l’audience  fait après fait.

Je retiendrai de plus particulièrement négatif dans le fond tout d’abord l’intervention impromptue de James Dewey Watson, si tenté qu’il y a eu un fond scientifique à ses paroles. Notre cher prix Nobel et chapardeur de résultats professionnel nous a donc fendu de dix minutes sur les prédispositions génétiques à telle ou telle maladie, l’autisme en particulier, entrecoupées de diverses blagues qui m’ont échappées. Polémiquement, il y est allé mollo, scientifiquement, c’était vide. Il faut préciser que ce bon vieux James présidait CSHL depuis un bon moment et que dans la salle de conférence trônait en même temps que lui son portrait plus grand que nature affublé de son éternel pull-over jaune. Bref, un moment à oublier de la part d’un contre exemple de ce qu’un scientifique devrait faire et être.

Le moment le plus désagréable pour moi fut la venue de J. Craig Venter, du J. Craig Venter Institute, sorte de Dark Vador de la science. Pour replacer un peu le personnage, c’est lui qui voulait être le premier à séquencer le génome humain pour pouvoir le breveter. Complètement (à lire sur le sujet des brevets).

Ce cher Craig n’est pas un scientifique, malgré le PhD qu’il affichait sur la page titre de sa présentation. Non, c’est un businessman, avec assez de succès du reste, mais il n’est pas et ne sera jamais un scientifique. Tout d’abord il est malencontreux de confondre code génétique et séquence génétique pour un journaliste, encore plus pour qui veut jouer au scientifique. De plus, ce bon vieux Craig présentait ses résultats sur les génomes artificiels très intéressants ; il arrive à fabriquer des génomes artificiels qui marchent à partir de bouts de vrais génomes, un peu comme Frankenstein. Pourtant jamais il n’a esquissé une once de questionnement sur les implications de ses résultats. Trouver qu’il faut ceci, ceci ou cela pour fabriquer un génome artificiel qui marche ne l’intéresse que pour le coté technique. Pourquoi le faire ? Parce que l’on peut le faire. C’est tout. Il y avait un milliard de question que Craig aurait pu se poser, jamais il ne l’a fait, c’est dommage.

Ces deux exemples précis ne sont que deux interventions dans une mer de conférences vraiment scientifiques. Quelques unes sont sorties du lot, je vous en ferai part dans le prochain billet.

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Pourquoi (pas) Lamarck

En cette année du grand Charles, j’entends à droite comme à gauche non pas des commentaires sur l’amputation de la partie essentielle de la loi Hadopi par le conseil des sages (allez donc voir chez eolas pour la traduction politique – français, son dictionnaire est à jour). J’entends par contre parler de plus en plus d’un certain Jean-Baptiste (de Lamarck de son état civil) : un petit insert dans la revue internationale du CNRS consacrée à Darwin et à l’évolution, dans certains blogs, dans certaines revues dites spécialisées, voire même il y a peu dans ma boite de courrier électronique par le biais d’une invitation pour une célébration du bicentenaire de la publication de l’œuvre majeur de Lamarck à Paris. Le courrier en question rappelle que

Lamarck tient une place importante [dans l’élaboration de la théorie de l’évolution] qu’il n’y a aucune raison d’oublier.

Divers scientifique veulent donc nous refaire manger du Lamarck au petit déjeuner, et ce pour deux raisons : Lamarck a donc été un des premiers à parler d’évolution et a aidé à faire admettre que les espèces évoluaient (et n’ont jamais cessé) ; Les idées de Lamarck n’apparaissent pas si saugrenue que cela à la lumière de récentes découvertes, notamment en épigénétique.
Rassure-toi cher lecteur, il ne s’agit pas ici de refaire le procès Lamarck contre Darwin. Je ne suis pas un Darwiniste, encore moins un Lamarckiste. Je suis juste un évolutionniste et je vais essayer d’expliquer pourquoi nous ressortir Lamarck ressemble à une bonne idée qui n’en est pas une.
Tout d’abord, resituons.

Lamarck est la génération antérieure à Darwin : il est né en 1744 et est mort en 1829. Tout cela et bien plus encore, vous pourrez le retrouver sur sa page wikipedia (j’ai la flemme de faire le lien). On lui doit quelques livres, dont la Philosophie Biologique publié il y a tout juste 200 ans (la coïncidence me trouble en cette heure matinale).
On doit à Lamarck (et à quelques autres) l’invention du terme « biologie » au début du XIXème siècle (du grec bios vie et logos science) comme l’étude de ce qui est « commun aux végétaux et aux animaux ». On lui doit surtout, et ce n’est pas pour ça que la postérité se souvient de lui,  une des première formalisations de l’évolution des êtres vivants dans son sens littéral : les espèces évoluent au cours du temps, changent. Pour Lamarck, l’évolution des être vivants est une nécessité. Elle se dirige inexorablement vers un une plus grande complexité des êtres vivants et se fait par l’adaptation au milieu. Pour Lamarck, tout être vivant naît à partir d’un être vivant. Lamarck a donc le droit d’être crédité comme étant celui qui aura posé les bases théoriques de l’évolution. Darwin, qui avait, comme le grand Pierre l’aurait dit, oublié d’être con, ne s’était pas trompé en admirant notre Jean-Baptiste.
Pourquoi alors c’est Charles que l’on célèbre et pas Jean-Baptiste ? Parce que Jean-Baptiste, aussi génial et révolutionnaire fût-il se trompa sur le mécanisme par lequel l’évolution s’effectue.
Le mécanisme qu’avait proposé Lamarck porte encore aujourd’hui le doux nom de transmission des caractères acquis. Tout d’abord, Lamarck ne l’a pas proposé mais n’a fait que reprendre des idées très répandues à son époque. On peu résumer ces idées comme suit.
Pour s’adapter à leur milieu, les organismes acquièrent des caractères utiles au cours de leur vie et perdent des caractères inutiles. Ces caractères, acquis durant la vie sont transmis à la descendance. Le cou de la girafe est souvent cité comme exemple : la girafe a tendu son cou au maximum pour manger les feuilles en haut de l’arbre, puis a transmis son cou allongé à sa descendance. Cela a l’air clair comme de l’eau de roche, pourtant cela ne serait être plus faux.
Là où Lamarck et la sagesse populaire de son époque ont eu faux, c’est le grand Charles qui a eu juste. Le mécanisme de l’évolution n’est pas la transmission des bons caractères acquis au cours de la vie, ceux qui permettent de mieux s’adapter au milieu, mais la transmission de tous les caractères puis sélection de ceux qui permettent de mieux s’adapter au milieu par sélection des individus qui portent les caractères permettant de s’adapter le mieux (la sélection naturelle de Charles). L’acquisition de différents caractères (les mutations) et la sélection de ceux-ci sont découplés. Ces « découvertes » de Darwin ont été ensuite confirmées par la génétique et l’ADN, mais cela, ni Jean-Baptiste ni Charles n’ont pu le découvrir.
Pourtant, cette transmission des caractères acquis, que l’on qualifie assez injustement d’ailleurs de lamarckisme refait surface ces jours-ci sous couvert des récentes découvertes en épigénétique. L’épigénétique veut littéralement dire épigénétique, non pas la génétique de l’épis de maïs mais tout ce qu’il y a autour de la génétique. Il s’agit de toutes les modifications apportées à l’ADN sans toucher à la séquence génétique proprement dite (la suite de A, T, G et C reste strictement identique). Il s’agit de modifier où, quand et comment les gènes vont être exprimés (entre autre). Ces modifications sont également transmises à la descendance, mais pas de la même manière que les gènes, on parle de transmission non mendélienne.
Ces modifications sont également soumises à la sélection naturelle : l’individu portant les modifications qui permettent de mieux s’adapter sera sélectionné et aura plus de descendance. L’individu ne pourra pas au cours de sa vie acquérir des modifications bénéfiques et se débarrasser de modifications néfastes. L’épigénétique n’est pas du lamarckisme, ni de la transmission de caractères acquis.
Du reste, il me semble qu’à quelques exceptions près, c’est surtout de notre bonne vielle France que partent les appels à la reconsidération de Lamarck. En cette année Darwin, j’aurais du mal à ne pas voir ça comme une tentative un peu vaine pour les français d’avoir leur Darwin à eux et de contrer l’Anglo-Saxonie et son hégémonie scientifique. Autant replacer Lamarck à sa juste place dans l’histoire de la théorie de l’évolution est justifié, autant ressortir des concepts faux pour tenter de le replacer dans la biologie actuelle n’est pas des plus utile.

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Je l’ai dis, je le répète, la science est un monde merveilleux mais un monde cruellement merveilleux. À dire vrai, c’est un métier très dur pour lequel on trime sang et eau sur des expériences qui ne marchent qu’une fois sur dix (uniquement les jours de pleine lune, le reste du temps, c’est pire), sans compter les chefs tyranniques, les horaires impossibles, le travail les jours impossibles (dimanche et jours de fête), le manque de moyen, le manque de considération, l’absence totale de glamour du métier qui nous permettrais de séduire les membre du sexe identique/opposé (ami lecteur, raye la mention inutile, mais pas sur ton écran, sinon tu vas l’abimer) lors d’éventuels événements mondains.

Bref, le métier de thésard est un métier d’ingrat dont il faudrait être demeuré (ou cosmonaute) pour aimer ça. Il y a des fois où j’ai tout envie de plaquer pour aller vendre des disques à la FNAC ou m’engager dans les cœurs de l’armée rouge. Surtout quand on nous envoie dans des endroits pas possibles pour des conférences où il y aura trois pelé et un tondu.

Franchement, c’est dur, la vie d’un scientifique.

Tout ça pour vous dire que je ne vais pas être en mesure de poster autant que vous le souhaiteriez durant les deux prochaines semaines. Aussi pour vous faire patienter et parce que je sais que vous aimez la musique, je vous fais part de deux vidéos musicales. L’une d’un groupe français dénommé Elista, la deuxième de la dénommée Émilie Simon. Il va sans dire que je vous recommande chaudement l’audition des œuvres des artistes suscités.

À bientôt.

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Je ne dirai rien sur cette jeune et vielle besiole dont les restes très bien conservés ont été décrit dans la revue scientifique PLoS ONE, revue totalement libre d’accès si vous voulez y faire un tour. Je ne dirai rien sur les différentes notes de blogs que ce vieux fossile a engendré, ni de l’incroyable mais réjouissant buzz dont ce squelette a fait l’objet ces derniers temps.

Je dirai juste que j’ai manqué à la raison première de tenir un blog, l’urgence.

Je n’ai pas capté le buzz d’ida et vous ai privé d’une note de blog aussi instructive que possible sur tous les petits secrets de ce sac d’os.

Je m’en excuse, mais cela se reproduira.

PS. d’autres bloggueurs ont bien évidemment parlé de ce buzz vieux de 47 millions d’années, allez donc voir là-bas et puis là-bas aussi tant qu’on y est.

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Petite note rapide. Je signale à l’intention de ceux d’entre vous qui me lisez de France (cher pays de mon enfance), Télérama publie un hors série consacré à Darwin et à l’évolution.

Connaissant la qualité des hors séries de l’hebdomadaire culturel, je vous en recommande vivement l’achat (et puis la lecture aussi pendant qu’on y est.)

C’est tout (pour aujourd’hui en tout cas.)

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À écouter !

Étant à Berlin, je n’ai pas souvent l’occasion d’écouter la radio française (à part RFI le matin au réveil.) C’est donc avec une grande joie que je suis tombé sur cette émission de France Inter 2000 ans d’histoire datée du 4 février dernier consacrée au grand Charles. Elle a le mérite non négligeable d’avoir Pacal Picq comme invité (qui a, si vous me permettez cette expression consacrée, oublié d’être con.)

Le lien est ici. L’émission est encore disponible à l’écoute pour une période très limitée, alors hurry up!

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