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Archive for the ‘Conférences’ Category

Deuxième billet consacré à la conférence de Cold Spring Harbor Labs, cette fois sur les ouais cool.

Le niveau général des conférences était très élevé, malgré tout ce que j’ai pu dire de méchant, en tout cas du point de vue strictement scientifique. Quelques conférences ont dépassé le lot, la plupart du temps par un bon lien entre fond et forme : un sujet pas totalement inintéressant en soi traité de la bonne manière, soit un bon dosage entre fond et forme. Il s’agit là d’une liste faite à partir d’impression à chaud et de relecture de notes à froid sous la forme de liste sans lien évident entre toutes ces conférences.

C’est David Kingsley qui le premier retint mon attention, avec les honneurs puisqu’il parlait durant la première session, le premier soir. Un grand merci aux organisateurs qui ont pensé à tous les européens assistant à la conférence en organisant une session le tout premier soir, ce qui revenait à assister aux conférences après plus de 24 heures sans dormir. Ce cher David étudiait les liens entre mutations dans le génome et gros changements phénotypiques (perte ou gain de nageoire, ou autre) en utilisant des poissons comme outils de base, ce fut très intéressant et instructif.

Ce fut ensuite au tour du grand, de l’immense Brian Charlesworth d’illuminer la conférence en parlant de l’influence et de l’importance de la recombinaison en évolution. Rappelons que la recombinaison est l’échange d’ADN entre chromosomes, c’est un phénomène très commun (même dans vos chromosomes) et très étudié. Ce cher Brian a fait honneur à son statut de star dans le domaine.

Deux conférences dans la session sur l’évolution culturelle ont retenu mon attention, l’un par Daniel Dennett et l’autre par Matt Ridley. Le premier a parlé des mots et de leur évolution pour argumenter du fait qu’ils sont un exemple parfait de mèmes. Un mème est une entité culturelle (un mot, une pratique culturelle, une méthode de travail, une recette de cuisine) qui se transmet (se réplique), évolue et est soumis aux lois de la sélection naturelle. C’est à Richard Dawkins que l’on doit la définition d’un mème dans son livre Le Gène Égoïste par en 1976. Personnellement j’adhère à l’hypothèse des mèmes comme éléments essentiels de l’évolution culturelle même si sa plus grande faiblesse reste l’absence de support (ou vecteur). Pour mieux comprendre, un gène ayant pour support l’ADN, si un mème peut être comparé à un gène, alors nous ne connaissons pas d’équivalent de l’ADN pour les mèmes.

Matt Ridley a lui parlé de l’importance des échanges dans l’évolution culturelle et du fait que sans échanges il y a récession (pas économique mais évolutive). L’échange est un des moteurs de l’évolution, sous la forme de reproduction sexuée au sein d’une même espèce (comme pour nous, il faut faire du sexe pour se reproduire) ou bien entre espèces plus distantes sous la forme de transferts latéraux de gènes (un thème que j’aborderai dans le troisième billet sur CSHL). Pour l’évolution culturelle, c’est la même chose : les échanges sont nécessaire à l’évolution, un de ses moteurs. Une idée à transmettre en ces temps de fermeture plus qu’active de nos frontières à tout ce qui n’a pas l’air franchement gaulois.

Une très bonne conférence de Sarah Tishkoff a présenté les résultats d’une grande étude génétique des populations humaines du continent africain. Il s’agissait d’établir le profil génétique d’individus du plus grand nombre d’endroits, tribus, ethnies, pays possibles pour ensuite retracer les liens de parentés entre tout ce beau monde et faire le lien avec certains traits culturels comme le langage.

À signaler, deux conférences sur l’évolution humaine. L’une de Tim White parlait des données de paléontologie disponibles et de certains biais de méthodologique. Quand on fait la somme de toutes les espèces nommées dans la lignée humaine, on arrive à un chiffre assez élevé qui ne reflète souvent que le désir de reconnaissance du découvreur : chaque fois que des ossements sont découverts, on y attribue un nouveau nom d’espèce. Le problème est que l’on ne prend en compte ni la diversité phénotypique intra spécifique qui se manifeste même dans les ossements, ni le fait que d’une même espèce pourra vivre un certain nombre d’année et laisser des restes à différents temps géologiques (Tim White définit une chronospecies comme plusieurs espèces situées dans une continuité temporelle sans séparation avérée de genre, on peut résumer cela à une seule espèce identifiée comme plusieurs espèces par différents restes). Il y a dans la nomenclature de ces espèces un biais méthodologique assez important provoqué par le fait (je pense) qu’il est plus facile d’attirer l’attention avec une nouvelle espèce qu’avec des restes d’une espèce déjà identifiée.

La deuxième de Steven Pinker, sur l’évolution de la cognition, selon lui spécifique à nous, les humains. Nous avons selon Steven Pinker l’habilité unique dans l’histoire évolutive de manier des concepts abstraits et de former des interactions sociales très complexes grâce à ce formidable outil qu’est le langage. La grammaire complexe en particulier nous permet de transmettre des compétences également complexes et de former des interactions non moins complexes.

Pour donner une lecture plus générale de cette conférence, je retiendrai plusieurs choses. Premièrement, les possibilités techniques offertes par les techniques de séquençage actuelles permettent des études très poussées et très ciblées sur des questions clef de l’évolution. Ensuite, une immense majorité d’évolutionnistes peuvent être considérés comme des historiens de la biologie : ils se demandent que s’est-il passé à tel ou tel moment de notre histoire évolutive, moins quels sont les concepts globaux qui gouvernent l’évolution des espèces. Enfin, j’ai trouvé que c’est la grande question que sommes-nous qui motivent les études sur l’évolution : l’origine de la vie il y a 3 milliards d’années et l’évolution humaine.

La fin dans le prochain billet avec une conférence (et le papier qui va avec) décortiqué par l’équipe de Procrastinons un peu…

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Il y a quelques semaines, j’ai eu l’immense chance de présenter mes récents travaux lors de la conférence « Evolution – the molecular landscape » organisée au laboratoire de Cold Spring Harbor (c’est à Long Island, tout près de New York).  C’était une des grandes conférences de l’année sur l’évolution (année Darwin oblige) et une des conférences Landmark de CSHL sur l’évolution, la dernière remontant à 50 ans pil poil.

Comme dans toutes les conférences, petites ou grande, il y eu une grande consommation de boissons caféines, des jugements portés principalement sur la qualité de la restauration (très bon niveau), des célébrités, des gens moins connus, des moments de gloire, des moments de solitude.

Il y a évidemment beaucoup de choses à dire sur le plan scientifiques, vu la qualité et surtout le nombre de conférences auxquelles l’équipe de Procrastinons un peu… a assisté. Pour essayer de faire court et logique, mes réflexions post-conférence vont se composer en trois actes : les bofs, les ouais cool et le top du top du meilleur de.

Donc, commençons avec le bof.

Il est difficile de vraiment pointer une conférence décevante, sur le plan scientifique du moins, il est difficile avec le jetlag de garder les paupières ouvertes quand on s’emmerde. J’en vois une qui sort du lot, plus une intervention qui n’était pas prévue au programme.

Globalement, il y a un grand reproche que je ferai à mes collègues scientifiques, c’est qu’ils ne savent pas présenter. Certains, si, heureusement. Les conférences incriminées ne sont pas du tout dépourvues sur le plan scientifique, mais les auteurs oublient souvent la différence entre forme et fond en s’imaginant que seul le fond compte, qu’une présentation à la science solide sera intéressante d’elle-même. C’est une erreur grave qui prend forme dans l’oublie simple qu’un scientifique est avant toute chose un être humain, c’est à dire attiré par ce qui brille, ce qui est rigolo, ce qui est sexy, ce qu’il peut comprendre et assimiler dans le laps de temps très court d’une conférence : vous avez deux minutes pour gagner la foule et vous la mettre dans la poche, au delà c’est foutu.

J’ai pu donc assister à des conférences au sujet alléchant sur le papier mais qui débitaient résultat après résultat sans pause, sans consistance, sans saveur quand ce n’était pas des conférences qui essayaient vainement de résumer vingt ans de recherche en vingt minutes, le débit monocorde qui mitraillait l’audience  fait après fait.

Je retiendrai de plus particulièrement négatif dans le fond tout d’abord l’intervention impromptue de James Dewey Watson, si tenté qu’il y a eu un fond scientifique à ses paroles. Notre cher prix Nobel et chapardeur de résultats professionnel nous a donc fendu de dix minutes sur les prédispositions génétiques à telle ou telle maladie, l’autisme en particulier, entrecoupées de diverses blagues qui m’ont échappées. Polémiquement, il y est allé mollo, scientifiquement, c’était vide. Il faut préciser que ce bon vieux James présidait CSHL depuis un bon moment et que dans la salle de conférence trônait en même temps que lui son portrait plus grand que nature affublé de son éternel pull-over jaune. Bref, un moment à oublier de la part d’un contre exemple de ce qu’un scientifique devrait faire et être.

Le moment le plus désagréable pour moi fut la venue de J. Craig Venter, du J. Craig Venter Institute, sorte de Dark Vador de la science. Pour replacer un peu le personnage, c’est lui qui voulait être le premier à séquencer le génome humain pour pouvoir le breveter. Complètement (à lire sur le sujet des brevets).

Ce cher Craig n’est pas un scientifique, malgré le PhD qu’il affichait sur la page titre de sa présentation. Non, c’est un businessman, avec assez de succès du reste, mais il n’est pas et ne sera jamais un scientifique. Tout d’abord il est malencontreux de confondre code génétique et séquence génétique pour un journaliste, encore plus pour qui veut jouer au scientifique. De plus, ce bon vieux Craig présentait ses résultats sur les génomes artificiels très intéressants ; il arrive à fabriquer des génomes artificiels qui marchent à partir de bouts de vrais génomes, un peu comme Frankenstein. Pourtant jamais il n’a esquissé une once de questionnement sur les implications de ses résultats. Trouver qu’il faut ceci, ceci ou cela pour fabriquer un génome artificiel qui marche ne l’intéresse que pour le coté technique. Pourquoi le faire ? Parce que l’on peut le faire. C’est tout. Il y avait un milliard de question que Craig aurait pu se poser, jamais il ne l’a fait, c’est dommage.

Ces deux exemples précis ne sont que deux interventions dans une mer de conférences vraiment scientifiques. Quelques unes sont sorties du lot, je vous en ferai part dans le prochain billet.

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Je l’ai dis, je le répète, la science est un monde merveilleux mais un monde cruellement merveilleux. À dire vrai, c’est un métier très dur pour lequel on trime sang et eau sur des expériences qui ne marchent qu’une fois sur dix (uniquement les jours de pleine lune, le reste du temps, c’est pire), sans compter les chefs tyranniques, les horaires impossibles, le travail les jours impossibles (dimanche et jours de fête), le manque de moyen, le manque de considération, l’absence totale de glamour du métier qui nous permettrais de séduire les membre du sexe identique/opposé (ami lecteur, raye la mention inutile, mais pas sur ton écran, sinon tu vas l’abimer) lors d’éventuels événements mondains.

Bref, le métier de thésard est un métier d’ingrat dont il faudrait être demeuré (ou cosmonaute) pour aimer ça. Il y a des fois où j’ai tout envie de plaquer pour aller vendre des disques à la FNAC ou m’engager dans les cœurs de l’armée rouge. Surtout quand on nous envoie dans des endroits pas possibles pour des conférences où il y aura trois pelé et un tondu.

Franchement, c’est dur, la vie d’un scientifique.

Tout ça pour vous dire que je ne vais pas être en mesure de poster autant que vous le souhaiteriez durant les deux prochaines semaines. Aussi pour vous faire patienter et parce que je sais que vous aimez la musique, je vous fais part de deux vidéos musicales. L’une d’un groupe français dénommé Elista, la deuxième de la dénommée Émilie Simon. Il va sans dire que je vous recommande chaudement l’audition des œuvres des artistes suscités.

À bientôt.

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Il y a quelques jours, j’étais parti explorer l’ouest de la noble et belle patrie de Goethe pour aller dans une conférence organisée à Cologne ayant pour thème général les variations dans le génome. La conférence en elle-même était basée sur un principe intéressant : des compagnies de biotechnologies sponsorisaient l’événement en échange de stands dans le hall du centre de conférence. Ceci garantissant une gratuité totale de la conférence : il faut d’habitude débourser une bonne centaine d’euros pour pouvoir assister à ce genre de conférence. Seul hic, la quasi absence d’advertisement de cette conférence : des noms prestigieux mais pas de pub. Dommage. Le résultat de cette gratuité a été une forte concentration estudiantine dans la salle de conférence que je ne peux qu’applaudir : ouvrir la science au monde passe obligatoirement par les étudiants.

Je passerai sur les différents talks qui ont émaillé cette conférence. Il y a eu du bon et du moins bon, dans le contenu comme dans le contenant. Il y a eu aussi une conférence « grand public » très intéressante, objet principal de ce billet.

Le conférencier était (est toujours) Steve Jones, gallois de naissance vivant à Londres (ce qu’il n’a pas manqué de rappeler) et auteurs de nombreux livres sur l’évolution que je n’ai pas lu puisque je ne connaissais pas ce monsieur avant cette conférence. Le titre «  Is human evolution Over? » ne laissant guère la place à l’à priori, c’est bien d’évolution humaine qu’il a parlé.

Je ne ferai qu’effleurer l’anthropocentrisme flagrant de ce talk alors que d’autres sujets sur l’évolution auraient été tout autant intéressants et même vendeurs. C’est bien le contenu même du talk et son message qui a retenu l’attention (et a alimenté les conversations le soir même) : l’espèce humaine n’évolue plus. Pour illustrer son propos, Steve Jones utilise trois arguments : les mutations, les différences de succès reproductif et la taille de populations.

Steve Jones commence par expliquer que ce sont les mâles qui sont responsables de la majeur partie des mutations : la lignée germinale (lignée de cellules sexuelles, spermatozoïdes pour vous messieurs, ovules pour vous mesdames) mâle a beaucoup plus de divisions cellulaire que la lignée femelle, donc beaucoup plus de mutations (la réplication de l’ADN à chaque division cellulaire est loin d’être parfaite.) De plus, plus un monsieur vieillit, plus sa lignée germinale accumule des mutations. Donc plus on fait des enfants vieux, plus ceux-ci vont avoir de mutations dans leur ADN.

Steve Jones observe que dans les pays développées, les hommes ont des enfants certes pas très jeunes, mais pas vieux non plus : on observe un pic de reproduction vers 30 ans, contre une distribution beaucoup plus diffuse dans les pays en voie de développement.

Point de mutations = point d’évolution.

Cet argument peut être contré en disant simplement que moins de mutations n’est pas point de mutations. On en voit des mutations, même dans les pays développés, et il n’y a pas que les mâles dans la vie, les femelles (pardon mesdames) ont aussi un rôle à jouer dans cette histoire. Un enfant se fait toujours à deux, le clonage reproductif n’existe pas encore.

Le deuxième point est la différence de succès reproductif. Steve Jones argumente que dans notre société moderne, avec les progrès de la médecine, il est possible de guérir de maladies autrefois mortelles, ce qui provoque la fin de différences de survie : presque tout le monde peut survivre. Ceci est, selon Steve Jones, suivi d’une diminution des différences dans le succès reproductif. Or ces différences sont le nerf de la guerre de l’évolution : sans différences de succès reproductif, la sélection naturelle ne peut tout simplement pas agir.

Soit deux individus, A et B. A est porteur d’une mutation qui fait qu’il a moins de chance de faire des enfants (disons qu’il s’agit d’une mutation qui lui faire dire des âneries dans une rendez-vous galant.) Puisqu’il ne peut pas avoir autant d’enfants que son pote B, on va voir dans une cours de recréation quelques années plus tard plus d’enfants de B que d’enfants de A. Donc la mutation que porte A sera moins transmise et sera progressivement éliminée de la population.

Ce que Steve Jones ne voit peut-être pas, c’est que des différences de succès reproductif, on en voit encore et toujours, même jusqu’aux portes très développées du siège du Medef. Tout d’abord vivre plus longtemps ne signifie pas avoir plus d’enfants. Heureusement pour les bactéries et les éphémères. Ensuite, Certaines (de plus en plus en fait) personnes sont stériles ou moins fertiles que certaines en tout cas (on mesure ça à l’aide d’études de fertilité où des gens font dont de leurs personnes et de leur temps à la science toujours reconnaissante.) Si cela n’est pas de la différence de succès reproductif, je ne sais pas ce qui l’est.

Le troisième point concerne l’augmentation de la taille de population. La population humaine croit. Or, la taille de population est un paramètre clef en l’évolution : plus une population est petite, plus la sélection naturelle sera inefficace, mais surtout plus il y aura d’évènements dus au hasard. On appelle cela le drift, la transmission aléatoire des gènes sans que la sélection naturelle puisse efficacement intervenir. Ce drift a une puissance incroyable car il peut faire en sorte que des mutations ayant un effet négatif soient quand même transmises à la génération suivante.

Selon Steve Jones, exit donc ce drift. Ce que Steve Jones ne dit pas, c’est que le grand brassage génétique consécutif aux grands flux de migrations entre les hommes et leurs femmes ouvre de nouvelles voies pour l’évolution. Brasser des gènes signifie lier des gènes qui n’ont jamais été ensembles auparavant et tester ces nouvelles combinaisons génétiques par la sélection naturelle. En génétique comme ailleurs, le mélange a toujours du bon.

Voilà donc pour l’argumentation de Steve Jones. Pourtant, il oublie un point central en évolution : le milieu. L’évolution n’est que l’adaptation au milieu par le biais de la sélection naturelle. Pas d’évolution pourrait se produire uniquement si notre milieu ne change plus. Or s’il est bien un domaine où l’homme et sa femme excellent, c’est la modification destruction de son milieu. Au delà de ces considération écologistes, le milieu change de toute manière : les climats changent, la nourriture change, les prédateurs changent, les bactéries pathogènes ou non changent, les virus changent. Tout change, à plus ou moins petite échelle de temps. Est-ce qu’il change assez pour qu’on en ressente les effets à notre échelle ? Sans doute non dans l’immense majorité des cas. Pourtant, même à notre échelle, les hommes et leurs femmes évoluent : l’augmentation de la taille moyenne en est un parfait exemple.

Pas de bol, hein, vous n’êtes pas immuables.

En même temps, ce serait vite emmerdant, non ?

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Je ne sais pas si vous avez remarqué, mais je me suis fait de plus en plus rare sur ces pages ces derniers temps. La raison était toute simple, j’était occupé. Non pas à me dorer la pilule sur une plage paradisiaque aux frais de la princesse, malheureusement non, j’ai eu plusieurs événements d’ordre scientifique qui m’ont maintenu dans un état d’occupation et de stress comme je n’en avais pas connu depuis longtemps.

À savoir la journée du laboratoire il y a deux semaines où tout le monde présente ses résultats aux autres (pour moi ce ne fut « que » sous la forme d’un poster) et un talk dans une conférence sur l’évolution à Berlin la semaine dernière. Premier « vrai » talk dans une conférence donc stress multiplié par 10 (oui, tout c’est plutôt bien passé.)

Comme je n’ai pas eu le temps de fouiller le net ou l’actualité à la recherche d’un quelconque sujet qui ferait jaillir une prose dont vous êtes chaque jour plus friands d’apprécier, je me suis dit que j’allais vous parler de ladite conférence.

Le thème général était la phylogénie. Pour ceux qui n’ont pas eu la chance d’étudier la biologie à la fac, la phylogénie est la discipline qui s’escrime à reconstruire l’arbre du vivant, les relations de parenté entre les organismes vivant. On peut aussi parler de systématique. De quoi a-t-ont donc parlé durant ces trois jors ? D’arbres. De méthodes pour reconstruire des arbres, de différents arbres obtenus à partir de différentes méthodes. Autant dire que moi et mon évolution moléculaire, on faisait un peu tache. C’était la première fois je crois que j’avais l’occasion d’observer de près et durant si longtemps des phylogénéticiens et je dois retenir deux choses : ces gens sont passionnés mais pas forcément passionnants. Le fait qu’il s’agissait d’une conférence de spécialistes d’un sujet qui m’est presque inconnu (dans les détails du moins) n’a pas aidé dans l’histoire.

Le premier jour était consacré aux méthodes proprement dites. En gros, depuis l’avénement de la génomique et du séquençage à grande échelle, on a de plus en plus de données, ce qui a permi d’éliminer les erreurs statistiques dûes justement au manque de données mais pas les erreurs dites systématiques dûes aux méthodes proprement dites : même avec une méthode solide et un modèle robuste, ces erreurs peuvent toujours apparaitre. Et pour celles-là, c’est toujours autant la galère, d’où une petite division entre les « verre à moitié plein » et les « verre à moitié vide » concernant le présent et l’avenir (« va-t-on un jour avoir UN arbre de la vie ?)

Le deuxième jour était consacré aux résultats obtenus avec des données moléculaires (tout ce qui vient de l’ADN.) Journée un peu casse-bonbon pour celui qui ne s’intéresse pas au domaine. Savoir si le groupe des éponges (non, les spontex que vous achetez au Carrefour du coin ne sont pas des animaux vivants, je parle des éponges vivant au fond des mers) forme un groupe unique (monophylétique) ou dispersé ne me fait ni chaud ni froid (attention, il s’agit d’un avis personnel, en aucun cas je ne renie cette discipline, je trouve même que scientifiquement, ces gens-là font un travail formidable.) On a cru à un début de bagarre concernant la position dans l’arbre d’un groupe spécifique, mais non.

Le troisième jour était consacré aux résultats obtenus avec les données morphologiques, soit les descriptions des petites bestioles à placer dans l’arbre. Encore une fois sans vouloir renier cette discipline, j’ai un peu de problème avec ces données. Deux animaux peuvent se ressembler sans qu’ils soient apparentés (on parle alors de convergence évolutive.) Ceci peut bien sûr fausser les résultats, d’où la nécessité d’une grande prudence quand on utilise ces données. Mais je ferais plutôt confiance aux spécialistes qui doivent bien sentir cette épée de Damocles au-dessus de leurs arbres.

Pour finir, la conférence s’est terminée par un diner donnée dans la grande salle du museum d’histoire naturelle de Berlin, c’est à dire dans la salle des dinosaures, Je dois dire que diner avec un brachiosaure qui vous regarde (bien) par dessus l’épaule a quelque chose de particulier.

J’ai essayer de lui donner à manger mais sa bouche était trop haute pour moi.

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Une conférence aura lieu le mardi 11 mars à 20h30 au Radiant (c’est à Caluire) sur le thème plutôt explicite: « Création & évolution : le débat est-il possible ? »
Le lien web…
L’entrée n’est pas gratuite (vive l’ouverture) mais on comprend vu le casting…

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