Attention – Ce blog déménage !

C’était une idée qui me trottait en tête depuis un moment déjà mais en rentrant de vacances, j’ai trouvé les ressources pour faire monter ce blog dans la cours des grands.

Ce blog déménage donc à compter d’aujourd’hui vers cette adresse :

http://www.procrastinons-un-peu.fr

Veuillez donc mettre vos liens, flux RSS et autres à jour, il n’y aura plus de billet sur procrastinonsunpeu.wordpress.com.

P.S. Pour l’instant, je débute, donc le site n’est pas encore trop top moumoute, mais j’y travaille.

Return from vacances

Me revoilà !

Après un bon mois de vacances bien méritées au vu de l’année écoulée et surtout au vu de ce qui m’attend, je suis de retour, pas bronzé mais frais, d’attaque et disponible pour vous faire partager mes réflexions sur la science (mais pas que).

Qu’il est difficile de se remettre dans le rythme métro-boulot-blog-dodo. Aussi ne vous attendez pas tout de suite à une reprise totalement normale de la fréquence des billets, d’autant que je dois modifier quelques petites choses relatives au blog avant de me remettre sérieusement à poster. Un peu comme remettre l’eau, l’électricité, nettoyer le frigo des déchets radioactifs que l’on a laissé pourrir tout l’été par inadvertance et refaire un poil de courses pour éviter de mourir de faim un dimanche midi.

À la prochaine, donc,

tout l’équipe de Procrastinons un peu…

La Vanoise est un massif magnifique

Tout est dans le titre.

J’avais presque oublié…

… que le vendredi c’était musique. C’est pas trop grave,  on a qu’à déplacer ça légèrement vers le samedi.

Aujourd’hui, c’est le groupe virtuel mais néanmoins excellent Gorillaz qui s’y colle avec cette vidéo d’un remix de leur premier album (je terminais le collège quand j’ai acheté le disque), 19-2000.

Franchement, j’adore.

Bon week-end.

La rose à nue

C’est en passe de devenir une petite tradition sur ce blog. C’est vendredi, j’ai un peu la flemme de pondre un billet digne de ce nom (mais duquel, là est peut-être la question…) et je me rabats sur la solution de facilité du blogueur, à savoir la vidéo.

Cette fois-ci, c’est le groupe islandais Sigur Rós (qui signifie peu ou proue rose de la victoire en islandais) qui est à l’honneur avec une vidéo d’un morceau de leur dernier album en date (dont je vous recommande caniculairement l’écoute) enregistré dans un café parisien. Ils interprètent le titre Við spilum endalaust en acoustique, avec un dépouillement remarquable qui sied tellement bien à cette musique venue du froid.

Bon week-end.

Le printemps froid, deuxième partie

Deuxième billet consacré à la conférence de Cold Spring Harbor Labs, cette fois sur les ouais cool.

Le niveau général des conférences était très élevé, malgré tout ce que j’ai pu dire de méchant, en tout cas du point de vue strictement scientifique. Quelques conférences ont dépassé le lot, la plupart du temps par un bon lien entre fond et forme : un sujet pas totalement inintéressant en soi traité de la bonne manière, soit un bon dosage entre fond et forme. Il s’agit là d’une liste faite à partir d’impression à chaud et de relecture de notes à froid sous la forme de liste sans lien évident entre toutes ces conférences.

C’est David Kingsley qui le premier retint mon attention, avec les honneurs puisqu’il parlait durant la première session, le premier soir. Un grand merci aux organisateurs qui ont pensé à tous les européens assistant à la conférence en organisant une session le tout premier soir, ce qui revenait à assister aux conférences après plus de 24 heures sans dormir. Ce cher David étudiait les liens entre mutations dans le génome et gros changements phénotypiques (perte ou gain de nageoire, ou autre) en utilisant des poissons comme outils de base, ce fut très intéressant et instructif.

Ce fut ensuite au tour du grand, de l’immense Brian Charlesworth d’illuminer la conférence en parlant de l’influence et de l’importance de la recombinaison en évolution. Rappelons que la recombinaison est l’échange d’ADN entre chromosomes, c’est un phénomène très commun (même dans vos chromosomes) et très étudié. Ce cher Brian a fait honneur à son statut de star dans le domaine.

Deux conférences dans la session sur l’évolution culturelle ont retenu mon attention, l’un par Daniel Dennett et l’autre par Matt Ridley. Le premier a parlé des mots et de leur évolution pour argumenter du fait qu’ils sont un exemple parfait de mèmes. Un mème est une entité culturelle (un mot, une pratique culturelle, une méthode de travail, une recette de cuisine) qui se transmet (se réplique), évolue et est soumis aux lois de la sélection naturelle. C’est à Richard Dawkins que l’on doit la définition d’un mème dans son livre Le Gène Égoïste par en 1976. Personnellement j’adhère à l’hypothèse des mèmes comme éléments essentiels de l’évolution culturelle même si sa plus grande faiblesse reste l’absence de support (ou vecteur). Pour mieux comprendre, un gène ayant pour support l’ADN, si un mème peut être comparé à un gène, alors nous ne connaissons pas d’équivalent de l’ADN pour les mèmes.

Matt Ridley a lui parlé de l’importance des échanges dans l’évolution culturelle et du fait que sans échanges il y a récession (pas économique mais évolutive). L’échange est un des moteurs de l’évolution, sous la forme de reproduction sexuée au sein d’une même espèce (comme pour nous, il faut faire du sexe pour se reproduire) ou bien entre espèces plus distantes sous la forme de transferts latéraux de gènes (un thème que j’aborderai dans le troisième billet sur CSHL). Pour l’évolution culturelle, c’est la même chose : les échanges sont nécessaire à l’évolution, un de ses moteurs. Une idée à transmettre en ces temps de fermeture plus qu’active de nos frontières à tout ce qui n’a pas l’air franchement gaulois.

Une très bonne conférence de Sarah Tishkoff a présenté les résultats d’une grande étude génétique des populations humaines du continent africain. Il s’agissait d’établir le profil génétique d’individus du plus grand nombre d’endroits, tribus, ethnies, pays possibles pour ensuite retracer les liens de parentés entre tout ce beau monde et faire le lien avec certains traits culturels comme le langage.

À signaler, deux conférences sur l’évolution humaine. L’une de Tim White parlait des données de paléontologie disponibles et de certains biais de méthodologique. Quand on fait la somme de toutes les espèces nommées dans la lignée humaine, on arrive à un chiffre assez élevé qui ne reflète souvent que le désir de reconnaissance du découvreur : chaque fois que des ossements sont découverts, on y attribue un nouveau nom d’espèce. Le problème est que l’on ne prend en compte ni la diversité phénotypique intra spécifique qui se manifeste même dans les ossements, ni le fait que d’une même espèce pourra vivre un certain nombre d’année et laisser des restes à différents temps géologiques (Tim White définit une chronospecies comme plusieurs espèces situées dans une continuité temporelle sans séparation avérée de genre, on peut résumer cela à une seule espèce identifiée comme plusieurs espèces par différents restes). Il y a dans la nomenclature de ces espèces un biais méthodologique assez important provoqué par le fait (je pense) qu’il est plus facile d’attirer l’attention avec une nouvelle espèce qu’avec des restes d’une espèce déjà identifiée.

La deuxième de Steven Pinker, sur l’évolution de la cognition, selon lui spécifique à nous, les humains. Nous avons selon Steven Pinker l’habilité unique dans l’histoire évolutive de manier des concepts abstraits et de former des interactions sociales très complexes grâce à ce formidable outil qu’est le langage. La grammaire complexe en particulier nous permet de transmettre des compétences également complexes et de former des interactions non moins complexes.

Pour donner une lecture plus générale de cette conférence, je retiendrai plusieurs choses. Premièrement, les possibilités techniques offertes par les techniques de séquençage actuelles permettent des études très poussées et très ciblées sur des questions clef de l’évolution. Ensuite, une immense majorité d’évolutionnistes peuvent être considérés comme des historiens de la biologie : ils se demandent que s’est-il passé à tel ou tel moment de notre histoire évolutive, moins quels sont les concepts globaux qui gouvernent l’évolution des espèces. Enfin, j’ai trouvé que c’est la grande question que sommes-nous qui motivent les études sur l’évolution : l’origine de la vie il y a 3 milliards d’années et l’évolution humaine.

La fin dans le prochain billet avec une conférence (et le papier qui va avec) décortiqué par l’équipe de Procrastinons un peu…

Le printemps froid, première partie

Il y a quelques semaines, j’ai eu l’immense chance de présenter mes récents travaux lors de la conférence « Evolution – the molecular landscape » organisée au laboratoire de Cold Spring Harbor (c’est à Long Island, tout près de New York).  C’était une des grandes conférences de l’année sur l’évolution (année Darwin oblige) et une des conférences Landmark de CSHL sur l’évolution, la dernière remontant à 50 ans pil poil.

Comme dans toutes les conférences, petites ou grande, il y eu une grande consommation de boissons caféines, des jugements portés principalement sur la qualité de la restauration (très bon niveau), des célébrités, des gens moins connus, des moments de gloire, des moments de solitude.

Il y a évidemment beaucoup de choses à dire sur le plan scientifiques, vu la qualité et surtout le nombre de conférences auxquelles l’équipe de Procrastinons un peu… a assisté. Pour essayer de faire court et logique, mes réflexions post-conférence vont se composer en trois actes : les bofs, les ouais cool et le top du top du meilleur de.

Donc, commençons avec le bof.

Il est difficile de vraiment pointer une conférence décevante, sur le plan scientifique du moins, il est difficile avec le jetlag de garder les paupières ouvertes quand on s’emmerde. J’en vois une qui sort du lot, plus une intervention qui n’était pas prévue au programme.

Globalement, il y a un grand reproche que je ferai à mes collègues scientifiques, c’est qu’ils ne savent pas présenter. Certains, si, heureusement. Les conférences incriminées ne sont pas du tout dépourvues sur le plan scientifique, mais les auteurs oublient souvent la différence entre forme et fond en s’imaginant que seul le fond compte, qu’une présentation à la science solide sera intéressante d’elle-même. C’est une erreur grave qui prend forme dans l’oublie simple qu’un scientifique est avant toute chose un être humain, c’est à dire attiré par ce qui brille, ce qui est rigolo, ce qui est sexy, ce qu’il peut comprendre et assimiler dans le laps de temps très court d’une conférence : vous avez deux minutes pour gagner la foule et vous la mettre dans la poche, au delà c’est foutu.

J’ai pu donc assister à des conférences au sujet alléchant sur le papier mais qui débitaient résultat après résultat sans pause, sans consistance, sans saveur quand ce n’était pas des conférences qui essayaient vainement de résumer vingt ans de recherche en vingt minutes, le débit monocorde qui mitraillait l’audience  fait après fait.

Je retiendrai de plus particulièrement négatif dans le fond tout d’abord l’intervention impromptue de James Dewey Watson, si tenté qu’il y a eu un fond scientifique à ses paroles. Notre cher prix Nobel et chapardeur de résultats professionnel nous a donc fendu de dix minutes sur les prédispositions génétiques à telle ou telle maladie, l’autisme en particulier, entrecoupées de diverses blagues qui m’ont échappées. Polémiquement, il y est allé mollo, scientifiquement, c’était vide. Il faut préciser que ce bon vieux James présidait CSHL depuis un bon moment et que dans la salle de conférence trônait en même temps que lui son portrait plus grand que nature affublé de son éternel pull-over jaune. Bref, un moment à oublier de la part d’un contre exemple de ce qu’un scientifique devrait faire et être.

Le moment le plus désagréable pour moi fut la venue de J. Craig Venter, du J. Craig Venter Institute, sorte de Dark Vador de la science. Pour replacer un peu le personnage, c’est lui qui voulait être le premier à séquencer le génome humain pour pouvoir le breveter. Complètement (à lire sur le sujet des brevets).

Ce cher Craig n’est pas un scientifique, malgré le PhD qu’il affichait sur la page titre de sa présentation. Non, c’est un businessman, avec assez de succès du reste, mais il n’est pas et ne sera jamais un scientifique. Tout d’abord il est malencontreux de confondre code génétique et séquence génétique pour un journaliste, encore plus pour qui veut jouer au scientifique. De plus, ce bon vieux Craig présentait ses résultats sur les génomes artificiels très intéressants ; il arrive à fabriquer des génomes artificiels qui marchent à partir de bouts de vrais génomes, un peu comme Frankenstein. Pourtant jamais il n’a esquissé une once de questionnement sur les implications de ses résultats. Trouver qu’il faut ceci, ceci ou cela pour fabriquer un génome artificiel qui marche ne l’intéresse que pour le coté technique. Pourquoi le faire ? Parce que l’on peut le faire. C’est tout. Il y avait un milliard de question que Craig aurait pu se poser, jamais il ne l’a fait, c’est dommage.

Ces deux exemples précis ne sont que deux interventions dans une mer de conférences vraiment scientifiques. Quelques unes sont sorties du lot, je vous en ferai part dans le prochain billet.

Richard Feynman

Encore une (bonne) vidéo. Cette fois c’est Richard Feynman qui s’y colle, un des plus grands esprits du vingtième siècle.

Bon week-end.

Death Cab for Cutie – Little Bribes

Connaissez-vous le time lapse ? C’est la technique qui consiste à prendre une image toutes les x secondes pour ensuite recréer un film avec 24 images par secondes. C’est la technique qui permet de voir des choses qui prennent beaucoup de temps en accéléré. Couplé à un sens artistique développé cela donne des clips vidéo très bien foutus, comme celui de la chanson de Death Cab for Cutie Little Bribes, réalisé par Ross Ching

Bon Visionnage.

Monarchie de juin

Il y a quelques jours, notre président a réuni ce que l’on appelle le parlement (l’assemblée nationale et le sénat) en congres à Versailles pour s’exprimer sur sa politique, ce qui avait été accompli et les projets de notre cher président. Ce petit rassemblement a également été le prélude à l’annonce d’un remaniement ministériel d’envergure.

Comme j’aime à le rappeler aux membres du peuple germanique que je croise sur mon lieu de travail chaque jour et qui me pressent de questions sur la particularité de la nation du nain surexcité, la France est un pays, sinon le pays du symbole. Il serait donc opportun de rappeler que c’était la première fois depuis Napoléon III que le président de la France (mais pas de tous les français) s’adressait ainsi au parlement. Qui plus est, cela c’est passé dans ce lieu ô combien symbolique qu’est le château de Versailles, dont on avait chassé pour l’occasion la masse les touristes.

Notre système politique est un système démocratique (donc où le pouvoir émane du peuple et n’est pas imposé au peuple) dont un des principe fondateur hérité de la philosophie du siècle des lumières est la séparation des trois pouvoirs : le pouvoir exécutif avec le petit nerveux qui fait semblant de prendre des décisions, le pouvoir législatif avec une ribambelle de parlementaire qui quand ils ne vérifient pas le confort des sièges de l’assemblée en y pionçant sous les caméras n’y vont carrément pas, et le pouvoir judiciaire avec les juges et les magistrats qui essaye tant bien que mal de faire respecter les lois votées par la précédente catégorie.

Selon le principe dit chacun chez soi et les vaches seront bien gardées, la séparation, donc l’indépendance de ses trois pouvoirs est nécessaire car cela permet le bon fonctionnement de chacun et d’éviter qu’un des trois joue au petit dictateur. Ce n’est pas un hasard si le dernier président en date à avoir parlé devant le parlement fut Louis Napoléon Bonaparte, plus connu sous le nom de Napoléon III ou encore Napoléon-le-petit. Ce n’est pas un hasard si c’est après son règne que l’on a interdit aux présidents de le faire. Ce n’est pas un hasard si tous les présidents se sont tenus à cette règle, y compris De Gaulle qui n’était pas le dernier question je prends tout le pouvoir pour moi.

Tous les présidents ont respecté la loi et donc le principe de séparation des pouvoirs. Notre président non. Ce n’est certes pas la première fois que le principe de la séparation des pouvoirs échappe au petit nerveux, les lecteurs réguliers ou occasionnels de l’excellentissime blog de maitre eolas savent à quel point l’indépendance du pouvoir judiciaire a été mise à mal ces dernières années pour être quasiment réduite à néant. La volonté de pouvoir du petit nerveux est une réalité qui dépasse le cadre strict des institutions de ce pays. Le démantèlement du CNRS l’année dernière témoigne de cette volonté de concentrer dans une seule paire de mains tous les pouvoirs possibles et de détruire ce qui pourraient y échapper. Le vote de la modification de la constitution n’a pas été en cela une surprise, juste une très désagréable découverte. Il est intéressant de noter que ce parlement se réuni à Versailles qui n’est pas à proprement parler un haut lieu de démocratie et d’équilibre des pouvoirs.

Qu’il est facile de tomber dans une critique du petit nerveux, qu’il est facile de tomber dans un anti-sarkozysme auquel je n’ajouterai ni primaire ni secondaire. L’homme a tous les pouvoirs, il est normal qu’il attire toutes les critiques et toutes les caricatures même s’il ne semble pas apprécier la deuxième catégorie. Il serait pourtant opportun de se rappeler que lui seul n’a pas pu accomplir ce contournement de principe. Il a été aidé, et bien aidé par les députés de la maison bleue. Et s’il y a bien des gens contre qui les critiques de concentration du pouvoir doivent se diriger, c’est bien contre toutes celles et tous ceux parmi les députés et les sénateurs qui ont voté cette modification de la constitution, de notre constitution, qui ont permis cette entorse à un principe fondamental de notre société et qui ont tout simplement vendu leur propre indépendance et leur propre pouvoir pour quelques miettes politiques. Tous ceux-là ne mérite rien de mieux que mon plus profond mépris.